Geólogo y autodidacta
Geólogo español, hermano del traductor de Shakespeare Guillermo Macpherson. Nació en el seno de una familia modesta; su padre fue un comerciante escocés que emigró hasta Cádiz en 1812. Estudió en Gibraltar, donde mostró interés por las ciencias naturales. A los veinticinco años, aceptó una emplea en Madrid para colaborar en la administración de la fortuna de su cuñado millonario Diego Montañés. Pero pronto regresó a Cádiz, incorporándose a la empresa familiar junto a sus hermanos.
El interés de algunos familiares y amigos por los fósiles y minerales acrecentaron su interés hacia la geología. Macpherson nunca estudió una carrera universitaria ni se sometió a los formalismos académicos. En 1869, viajó a París para estudiar química y mineralogía junto a Félix Pisani de Serres, amigo de Antonio Machado Núñez, abuelo de los poetas Manuel y Antonio Machado. Publicó en Sevilla su primer trabajo científico, titulado ‘Método para determinar minerales’. De regreso a la capital francesa, trabajó en el Museo Nacional de Historia Natural, donde aprendió la metodología de la geología de campo. El gaditano mantuvo una estrecha relación con las escuelas francesa y suiza de geología durante toda su vida, teniendo contacto con geólogos como Verneuil o Fouqué.
Formó parte de la Sociedad Española de Historia Natural a partir de 1872. Por esa época, estudió las rocas peridotíticas de la serranía de Ronda, publicando el primer artículo sobre petrografía microscópica que se hizo en España. En 1875, se trasladó definitivamente a Madrid. Allí se dedicó a estudios geológicos, que fue publicando en la Sociedad Española de Historia Natural, el Gabinete de Historia Natural y la Institución Libre de Enseñanza. Una de sus mayores aportaciones geológicas en el campo de la estratigrafía fue el descubrimiento del primer ejemplar del arqueociato de Europa en Sierra Morena. En 1880, presidió la junta directiva de la SEHN. El fallecimiento de su hermana, le permitió heredar una cantidad importante de dinero que le permitió mantener su independencia profesional el resto de su vida.
En 1883, construyó su casa-laboratorio de geología, así como su taller de preparaciones y una biblioteca geológica. Allí realizó multitud de preparaciones petrográficas que constituyeron la mejor colección de láminas delgadas de España. Por ella pasaron muchos de sus discípulos, como los geólogos Francisco Quiroga, Salvador Calderón o Eduardo Hernández-Pacheco. En 1886, se puso al frente de la Sociedad para el estudio del Guadarrama, creada por la ILE. Macpherson compró una finca con jardín en La Granja de San Ildefonso, donde se celebraban numerosas tertulias científicas y culturales.
Su actividad fue decayendo durante la década de 1890. Se interesó por la fotografía y publicó varios artículos sobre dicha temática. En sus últimos años, se dedicó a sintetizar toda su obra y a escribir un manual de Geología donde recogió su pensamiento. Falleció en octubre de 1902, a causa de complicaciones cardíacas. Sus restos reposan en el Cementerio Sacramental de San Isidro de Madrid.